El Centro Médico San Rafael S.A. en sus inicios contaba con clínica que funcionaba como emergencia, sala de operaciones equipada y 4 habitaciones, además de una estación de enfermería; el personal médico de ese entonces eran 2 enfermeras y su fundador, el Dr. Jorge Pérez.
Seguidamente, inicio con los servicios de Ginecología/Obstetricia y Cirugía General atendido por el médico cirujano Dr. Carlos Humberto Quan, posteriormente la institución fue trasladada a su dirección actual sobre la 4ta calle final, 9-170 zona 1, de la cabecera departamental de Huehuetenango, en el mes de enero de 1982 hasta la fecha. En su época fue el primer Centro privado de Huehuetenango en ofrecer los servicios de Rayos X y ultrasonido atendido por médicos radiólogos que además laboraban en la Policlínica Quetzaltenango, bajo la dirección del Dr. José Echeverria Reyes.
En los años siguientes, se suma al equipo de trabajo médico y cirujano Dr. Allan Sultan, quien brindó servicio por algunos años. Posteriormente se incorporaron a la fuerza laboral los reconocidos pediatras, Dr. Jorge Pellecer y Dr. Marco Vinicio Villatoro, además de los renombrados médicos internistas Dr. Mynor Pérez Champet y posteriormente el Dr. Carlos Humberto Pérez, seguidamente de la distinguida Dra. Patricia Lorena Pérez, gastroenteróloga y médica internista, además de la especialista radióloga Dra. Karla Afre; con el fin de ampliar la oferta de servicios médicos a la población huehueteca.
Actualmente contamos con una amplia variedad de servicios médicos, como endoscopias, colonoscopias, videolaparoscopias, cirugías, medicina interna, pediatría, neurocirugía, ginecología y obstetricia con varios subespecialistas colaboradores residentes y no residentes en esta ciudad, servicio de ultrasonidos, radiografías digitales, laboratorio clínico, farmacia interna, servicio de tienda y cafetería, consulta externa y emergencias las 24 horas atendido por su personal médico, no contamos con médicos ni enfermeras practicantes.